Разберем на примере запуска компиляции webpack.

Открываем добавления настроек:

Дальше выбираем npm

Определяем свой путь и свои команды, по аналогии со скрином:

Можно также запустить какой-нибудь bash скрипт:

А затем его запускать перед запуском вебпака:

Например, можно сделать так, чтобы открывались какие-то страницы в шторме, требовали изменения их содержимого, а затем нажав enter в консоли, скрипт продолжил бы работу и запустил компиляцию webpack.

Адрес Project Menager в Mac OS: