Устанавливаем PHP Code Sniffer

Устанавливаем через composer

Затем заходим в Quality Tools

Заходим внутрь настроек Code Sniffer и выбираем путь до файлов phpcs (проверка) и phpcbf (автоматическое исправление):

Отмечаем в Inspections, что хотим авто-проверку:

И наслаждаемся результатом:

Более подробно здесь
https://www.jetbrains.com/help/phpstorm/using-php-code-sniffer.html

Устанавливаем Mess Detector

Делаем все по аналогии для Mess Detector.

Устанавливаем:

Заходим в папку куда установили и выбираем файл phpmd:

Более подробно:
https://www.jetbrains.com/help/phpstorm/using-php-mess-detector.html

CS Fixer

CS Fixer расшифровывается как PHP Coding Standards fixer.

Установка CS Fixer

Выбираем директорию установки в PhpStorm

Также по аналогии выделаем в Editors->Insepctions

Для ручного запуска:

Подробнее:
https://www.jetbrains.com/help/phpstorm/using-php-cs-fixer.html

PHPLOC

Статистика для PHP кода.

Установка:

Проверить папку с кодом:

где folder название папки следующее за тем местом, откуда вызывается код, но можно указать и абсолютные пути. Кому что больше нравится.

Dead Code Detector (DCD)

Находит мертвый код в проекте.

Установка:

Используем:

Copy/Paste Detector (CPD)

Находит дублирование кода в проекте.

Установка:

Используем: