Правильно понимаю, вы хотите все ссылки видеть в https?

Если так, то это не зависит от настроек плагина или фильтров. Надо весь сайт со всеми урлами перевести на https, тогда проблема исчезнет сама по себе. Например, это можно сделать такими способами — как перевести сайт на https.

Скобку поправил) точку с запятой в конце можно убрать, она тут тоже лишняя.

У меня сработал такой код

add_filter('wpseo_canonical', 'removeCanonicalArchivePagination');

function removeCanonicalArchivePagination($link) {
$link = preg_replace('#\\??/page[\\/=]\\d+#', '', $link);
return $link;
};

Криво написал описание, сейчас уже наверняка не вспомню. Скорее всего именно для этого: «убирает со страниц пагинации canonical».